专委会成立以来，一直挂靠在中国水利水电科学研究院，秘书处设在水力学研究所，秘书长由水力学所领导或其他专家担任。至今领导班子已更换了6届，前两届为每三年一届，后四届为每四年一届。领导班子的成员分别来自设计、科研、生产、大专院校、以及有关公司。各届的主要领导成员如下：

第一届：1986—1988

主任：李桂芬（中国水科院）
副主任：赵增凯（规划总院）、黄伯明（长科院）、柴恭纯（南京水科院）、石瑞芳（西北院）等
秘书长：朱荣林（中国水科院）；秘书：陈秀兰

第二届：1989—1992

主任：李桂芬（中国水科院）
 副主任：赵增凯（规划总院）、柴恭纯（南京水科院）等
 秘书长：高季章（中国水科院）；秘书：陈秀兰

第三届：1993—1996

主任：李桂芬（中国水科院）
副主任：童显武（规划总院）、林可冀（北京院）等
秘书长：周宪政；秘书：陈秀兰

第四届：1997—2000

主任：李桂芬（中国水科院）
副主任：童显武（规划总院）、林可冀（北京院）等
秘书长：刘之平（中国水科院）；秘书：陈秀兰

第五届：2001—2006

主任：刘之平（中国水科院）
副主任：肖白云（成勘院）、高盈孟（华水电力公司）、苏祥林（中南院）、杨永全（四川大学）、郭军（兼）
秘书长：郭 军（中国水科院）；秘书：陈秀兰

第六届：2007年至今

主任：刘之平（中国水科院）
副主任：肖白云（成勘院）、高盈孟（华水电力公司）、苏祥林（中南院）、练继建（天津大学）、李云(南科院)、许唯临（四川大学）、郭 军（中国水科院）、吴一红（兼）等
秘书长：吴一红（中国水科院）；秘书：陈秀兰、杨帆

    在第一届专委会成立时，为了发挥一些知名度高的老一代水利学专家的作用，特别聘请了陈椿庭、林秉南、马君寿等专家作为顾问。此外，在水力学所设有专门办公室，设常务秘书一人，由陈秀兰担任，负责给会员们订购杂志和编写简报，反映会员们的情况。

    专委会委员的吸收条件是：热心学会工作，积极参加专委会的各项活动，同时也要有一定的学术水平，按时参加每年的会议，每年交纳会费500元。为了严肃纪律，凡两年不交会费，又不参加活动者，视为自动放弃委员资格。