自专委会成立以来，一直挂靠在中国水利水电科学研究院，秘书处设在水力学研究所。领导班子成员由会员单位提名，全体会员选举产生，有时由于各种原因无法进行大会选举时，也可以通信书面选举产生。到现在已更换了七届，前四届为每三年一届，后三届为五年一届。领导班子成员也是照顾到了科研、大专院校、设计管理、以及有关公司的成员，各届会议地点、换届及领导班子成员如下：

第一届  1981年，在宜昌，葛洲坝管理局成立大会

主任：陈椿庭（中国水科院）
副主任：林秉南（中国水科院），吴持恭（四川大学），姜国干（南科院），顾兆勋（河海大学），王希锐（东北院科研所），李士豪（大连理工大学），杜镇福（天津大学）
秘书长：李桂芬（中国水科院）
秘书：陈秀兰（中国水科院）

第二届  1984 年，在福州市，福建水利厅年会上改选

主任：陈椿庭（中国水科院）
副主任：林秉南（中国水科院），吴持恭（四川大学），姜国干（南科院），顾兆勋（河海大学），陈济生（长江科学院），王希锐（东北院科研所），李士豪（大连理工大学），杜镇福（天津大学）
秘书长：李桂芬（中国水科院）、陶芳轩（中国水科院）
秘书：陈秀兰（中国水科院）

第三届  1987年，在成都市，成都水电勘测设计研究院年会上换届

主任：李桂芬（中国水科院）
副主任：陈济生（长江科学院），柴恭纯（南科院），杜镇福（天津大学），王希锐（东北院科研所），余常昭（清华大学），赵文谦（四川大学）
秘书长：哈焕文（中国水科院）、冬俊瑞（清华大学）
秘书： 陈秀兰（中国水科院）

第四届  1989年，在天津市，天津大学年会上换届

主任：李桂芬（中国水科院）
副主任：陈济生（长江科学院），柴恭纯（南科院），金忠青（河海大学），索丽生（河海大学），赵文谦（四川大学）
秘书长：哈焕文（中国水科院）、冬俊瑞（清华大学）
秘书：陈秀兰（中国水科院）

第五届  1993年，在太原市，太原理工大学年会上换届

主任：李桂芬（中国水科院）
副主任：陈济生（长江科学院），柴恭纯（南科院），索丽生（河海大学），梁在潮（武汉大学）
秘书长：何少苓（中国水科院）、陈惠玲（南京水科院）
秘书：陈秀兰（中国水科院）

第六届  1998年，在沈阳市辽宁省水利厅年会上换届

主任：刘树坤（中国水科院）
副主任：陈济生（长江科学院），柴恭纯（南科院），崔广涛（天津大学），李嘉（四川大学），陈长植（清华大学），祝根领（武汉大学）
秘书长：郭军（中国水科院）、陈惠玲（南京水科院）、安刚（天津大学）
秘书：陈秀兰（中国水科院）

第七届  2003年，在蓟县，天津水利局年会上换届

主任：刘树坤（中国水科院）
副主任：崔广涛（天津大学），陈长植（清华大学），王宏江（天津市水利局），李嘉（四川大学），徐勤勤（长科院），包小为（江苏聚慧科技有限公司），周孝德（西安理工大学），黄真理（国务院三峡办），唐洪武（河海大学），黄社华（武汉大学）
秘书长：吴一红（中国水科院）、陈惠玲（南京水科院）、安刚（天津大学）
秘书：陈秀兰（中国水科院）

 第八届  2008年，在新疆，新疆农业大学年会上换届

名誉主任：刘树坤（中国水科院）
名誉副主任：崔广涛（天津大学）
主任：吴一红（中国水科院）
副主任：周孝德（西安理工大学），黄真理（国务院三峡办），唐洪武（河海大学），包小为（江苏聚慧科技有限公司），张永良（清华大学），杨敏（天津大学），朱芳清（天津市水利局），李克峰（四川大学），金峰（长江科学院），刘士和（武汉大学），吴时强（南京水科院）
秘书长：王东胜（中国水科院）
副秘书长：马斌（天津大学）
秘书：杨帆（中国水科院）